« Kaiju No. 8 » se déroule dans un monde où des monstres gigantesques, appelés Kaijus, apparaissent régulièrement, semant le chaos et la destruction. La Japan Defense Force (JDF) est en première ligne de la bataille contre ces créatures titanesques, protégeant l’humanité de leur menace constante.
Kafka Hibino, un homme de 32 ans, travaille comme nettoyeur de débris de Kaijus, un emploi loin de ses aspirations de jeunesse de rejoindre la JDF. Son rêve d’être un héros semble éteint jusqu’au jour où un événement inattendu change sa vie à jamais. Kafka se retrouve transformé en un hybride humain-Kaiju, doté de pouvoirs extraordinaires.
Avec ses nouvelles capacités, Kafka décide de saisir cette chance unique pour réaliser son rêve d’enfance. Il rejoint la JDF sous le pseudonyme de « Kaiju No. 8 », cachant sa véritable identité tout en utilisant ses pouvoirs pour combattre les monstres. Cependant, vivre avec ce secret n’est pas sans danger. Kafka doit naviguer entre ses obligations en tant que membre de la JDF, ses amitiés, et le risque constant d’être découvert.
Chaque bataille contre les Kaijus est une épreuve de force et de stratégie, mais aussi une course contre la montre pour préserver son secret. Les tensions montent alors que des ennemis redoutables émergent, et que des mystères entourant l’origine de Kafka et des Kaijus commencent à se dévoiler.